Установил ту же версию программы, но не портабельную, а с полноценным инсталом.
Ничего не изменилось.
Но заметил, что звуки на самом деле не пропадают.
Они остаются, и даже на своем месте, только время их воспроизведения равняется одному кадру.
Но всё равно не приятно каждый раз корректировать время их воспроизведения.
Если из Toon Boom Studio не выходить, то всё ОК. Стоит только перегрузить программу и всё поновой.
